故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德以及与之共同浴血奋战于战场上的同伴们却与世隔绝的生活着，因为艾莉丝的死，致使克劳德到如今还沉浸在无限的伤痛之中，殊不知危险已经慢慢地向他靠近了……“完全版”追加了前版没有的许多要素和细节，除了将剧情补充完整和对故事背景做更详细的阐释外，新增的大量战斗画面必定会令“最终幻想”系列的粉丝们大呼过瘾，而克劳德与萨菲罗斯的宿命对决依然是影片的重头戏。